Приземление «Филе» на поверхность кометы не было простым. Когда менеджеры ЕКА впервые подошли близко к комете в июле текущего года, ее необычная форма «резинового утенка» вызывала определенные опасения относительно возможности безопасного приземления. Форма была не единственной проблемой. Поверхность кометы также оказалась не из лучших: бугры и острые скалы сменялись усеянными кратерами долинами, полными валунов. Если бы «Филе» сел на что-то, отличное от ровной земли, он мог бы перевернуться и не заработать.

«Розетта» в течение нескольких недель кружила вокруг кометы, чтобы построить карту ее поверхности, на которой руководители миссии смогли бы выбрать место для посадки. Они столкнулись с трудным выбором: это место должно было быть очень ровным и без валунов, однако с него должен был открываться хороший вид на всю комету и достаточно освещаться, чтобы заряжать солнечные батареи посадочного модуля. Из пяти возможных мест посадки ученые и инженеры единогласно проголосовали за областью площадью в 1 км. кв. на «голове» кометы, называемым «Агилкией».

В начале миссии, официальные лица из ЕКА утверждали, что форма кометы должна напоминать картофелину и оценивали шансы на успешное приземление в 75%. После того, как они увидели форму и местность цели полета, оценка уменьшилась 50%, однако снова выросла, когда техническая группа лучше изучила место посадки.

Однако такая уверенность длилась недолго. Во вторник ночью, за несколько часов до того, как «Филе» отсоединился от космического прибора, шансы на безопасную посадку снова прыгнули вниз. Той ночью маневровый двигатель посадочного модуля никак не отвечал на команды, которые присылали с Земли. Инженеры часами пытались исправить ошибку, однако так и не смогли этого сделать. Неисправность вызвала угрозу срыва для всей миссии, однако в 2:35 по Гринвичу в среду руководители миссии решили все-таки выполнять посадку, не смотря ни на что.

Азотный маневровый двигатель, направленный от вершины посадочного модуля вверх, должен был работать в течение 60 секунд после того, как «Филе» прикоснется к поверхности, чтобы он не отпрыгнул от нее, поскольку гравитационное притяжение на комете в несколько сотен тысяч раз слабее притяжения на Земле.